PARSE: egy új eljárás

"A dinamikus struktúrák meghatározása még nem megoldott feladat." – állítja James. "A fô gondot az jelenti, hogy a molekula átlagos oldatbeli struktúráját is nagyon nehéz feltérképezni – és még ennél is nehezebb rájönni arra, hogy ez az átlag milyen egyedi, egymásba átváltó struktúrákból jön létre. Ha egy molekula egyszer ilyen, másszor olyan, akkor honnan tudhatjuk, hogy valójában milyen? Ráadásul a struktúra vizsgálatához használt spektrális paraméterek attól is függenek, hogy milyen gyorsan változnak ezek az alakzatok."

A hagyományos számítási módszerek például nem definiálják a különféle alakzatok számát, amelyek lehetségesek és valószínûleg elô is fordulnak. Ráadásul ezek a módszerek kiátlagolnak egy csomó alakzatot és így egy olyan átlagalakot adnak meg, amely talán soha nem is létezett.

A megoldás egy olyan számítási módszer lehet, amelyet James egyik munkatársa, Nyikolaj Uljanov fejlesztett ki. A PARSE néven ismert módszer átvizsgálja az NMR-adatokat és megkonstruálja a lehetséges alakzatok százait. A módszer felhasználhatósága a kellô pontosságú kísérleti adatoktól függ, és ha megfelelôek a bemenô adatok, a PARSE képes meghatározni az adatokhoz legjobban illeszkedô struktúrákat.

A DNS ugyanazon szekvenciájának kilenc különbözô, a PARSE által meghatározott struktúrája. Látható, hogy a cukrok (dezoxiribóz, ötelemû gyûrûként ábrázolva) térbeli irányultsága a DNS-gerincen fiziológiás körülmények között át tud váltani a hagyományos S alakból (kék) N-be (zöld). Ez befolyásolhatja a DNS és a fehérjék (mint pl. az RNS-polimeráz) közti kölcsönhatást.


[Vissza]