James és kollegái az új technika segítségével azt a fehérjeszegmenst kezdték el vizsgálni, amelyik a HIV vírus szaporodását elindítja. Ez a fehérje "Tat" néven ismert; a név a "transactivating fehérje"kifejezésbôl származik. Úgy tûnik, hogy ennek a "Tat" fehérjének kell csatlakoznia a vírus RNS-éhez, hogy a sejt fehérjemolekulái összegyûljenek, ami elôsegíti a vírusátvitelt. A folyamatban a vírus DNS-e úgy íródik át, hogy egy neki megfelelô RNS-szál keletkezzen, amely a késôbbiekben a fehérjéket és az enzimeket arra készteti, hogy új vírusokat gyártsanak.
A pittsburghi szuperszámítógép segítségével James és kollegái feltárták a Tat fehérje struktúráját. A kutatók meglepetésére a Tat RNS-ének az a része. amely a kötést létrehozza, alfa-hélix struktúrát vesz fel az oldatban. Mivel ebben a tartományban sok pozitív töltésû aminosav van, a kutatókban korábban fel sem merült ez a lehetôség. "A kutatásunk fô hajtóereje az, hogy megkapjuk azokat a strukturális adatokat, amelyek képessé tesznek a Tat blokkolására, és így segítenek meggátolni a vírus szaporodását. A Tat szerkezetének ismeretében jelenleg azon dolgozunk, hogy találjunk egy olyan molekulát, amely meg tud kötôdni ezen a szerkezeten."
A Tat fehérje alfa-hélix váza (arany). A két aminosav oldallánc (lila és sárga) jelzi azt a helyet, ahol a fehérje hozzákötôdik a HIV-1 RNS-ének transzaktivációs válasszegmenséhez (TAR). Ez a kölcsönhatás a HIV vírus átviteléhez elengedhetetlen.