A kémiai alkalmazások robbanásszerûen terjednek a Világhálón

Stu Borman cikke a Chemistry & Engineering News 1996. szeptember 16-i számában jelent meg. Online változata a http://pubs.acs.org/hotartcl/cenear/960916/explode.html címen olvasható a Hálón. Az alábbiakban tömörített fordítását közöljük.


A kémiai alkalmazások gyorsvonati sebességgel születnek a Világhálón. Jelentôs fejlesztô cégek idôt és pénzt nem kímélve ontják a kémiai alkalmazásokat. Ez a felfokozott tevékenység szembeötlô volt az American Chemical Society (ACS) nyári, Orlandóban tartott konferenciáján. Két olyan szimpóziumot is rendeztek, melynek címében az "intranet" szó szerepelt: "Intranetek: kémiai alkalmazások és a világháló-technológiák felhasználása" a számítógépes kémiai szekcióban, valamint a "Kémiai informatikai intranetek" a kémiai informatika szekcióban. Ráadasul a két szekció anyaga között kevés volt az átfedés.

A szimpóziumok fôként a világháló-alapú kémiai alkalmazások általános kérdéseivel foglalkoztak, és nem ragadtak le a belsô hálózatok részleteinél. Ez a tendencia az elsô szimpóziumhoz tartozó elektronikus posztereken is folytatódott; ezek nemcsak az ACS tagjai számára hozzáférhetôk.

Henry S. Rzepa, a londoni Imperial College vegyészprofesszora, a kémiai alkalmazások elismert web-guruja volt az elsô elôadó a számítógépes kémiai szekcióban. Az interneten is olvasható elôadásában röviden összefoglalta a kémiai jellegû Web-fejlesztéseket, melyek döntô részét ebben a cikkben én is ismertetem. Rzepa elmondta, hogy az elsô olyan kémiai közlemény, mely magára a Világhálóra hivatkozik, kb. hároméves, míg az elsô olyan könyv, amely a kémiával és a Hálóval foglalkozik, 1995 végén jelent meg. A "chemistry" szóra viszont az AltaVista keresôprogram 400 000-szer, a HotBot pedig több mint félmilliószor akadt a világhálón. (Az AltaVista ékezetes betûkkel is elboldogul: a "kémia*" szóval szintén próbálkozhatunk. Szerk.).

A Háló nyelve, a Hypertext Markup Language (HTML = hypertext lapleíró nyelv) ugyan egyre barátságosabb a vegyészekkel, de Peter Murray-Rust, a Nottinghami Egyetem professzora és munkatársai mégis a kémiai lapleíró nyelven (CML), a HTML olyan átalakításán dolgoznak, amely a kémiai információ sokkal gazdagabb megjelenítését teszi majd lehetôvé az Interneten. A CML használatához szükséges program letölthetô a hálózatról. A kémiai lapleíró nyelvet használó böngészô kibocsájtása szeptemberben várható, nyilatkozta Rzepa. Ez tulajdonképpen egy JAVA programocska, azaz applet: olyan, Netscape Navigator vagy Internet Explorer alatt futó, a platformfüggetlen JAVA nyelven írt program, mely az aktuális hálózati oldalról közvetlenül tölthetô le a felhasználó gépére, tehát nem a szerveren, hanem a kliens gépén fut.

A virtuális valóságot leíró nyelv (Virtual Reality Markup Language, VRML) is igéretesen fejlôdik; ez térbeli objektumok készítését és megjelenítését teszi majd lehetôvé. A Silicon Graphics irányításával mûködô csoport már dolgozik az elsô, vegyészeknek készülô VRML-es alkalmazáson, a Molecular Inventoron. Több egyetemen is dolgoznak olyanok, akik a VRML szabványt alkalmazzák molekulák térbeli megjelenítésére. Az elsô és még mindig aktív csoportot Jürgen Brickmann vezeti a Darmstadti Mûegyetemen. A Nürnberg-Erlangeni Egyetem kutatói olyan új szolgáltatást indítottak, amely a molekula adataiból VRML állományt állít elô.

Kialakulóban van ugyanakkor a kémiai információ továbbítását megkönnyítô e-mail és hypertext szabvány, a kémiai MIME (Multipurpose Internet Mail Extensions), melynek bevezetését a IUPAC is fontolgatja. Mindehhez a kémiai meta-adat szabvány is kapcsolódna, mely lehetôvé tenné a HTML oldalakon megjelenô kémiai információ indexelését és keresését.

A Hálón már a kémiai oktatási alkalmazások is megjelentek. Elsôként a londoni Birbeck Egyetem által készített, a fehérjék szerkezeti alapelveit bemutató anyag, majd Mark J. Winter, a Sheffield Egyetem professzora által kifejlesztett periódusos rendszer. A Nottinghami Egyetem egyik tanszékének virtuális iskolája lényegében egy molekulatervezési kurzus.

Az elsô Világhálós vegyészrobotot Wolf-Dietrich Ihlenfeld a Nürnberg-Erlangeni Egyetem Számítógépes Kémia Intézetének munkatársa alkotta meg, és arra használta fel, hogy Kémiai Szerkezetek Adatbázisába vegyületek ezreit gyûjtse össze. Az adatbázis a Hálóról begyûjtött információn kívül annak lelôhelyét is rögzíti. Az adatbázisok rekordjaiban a vegyület szerkezete, neve, képlete és egyéb tulajdonságai tárolódnak. Ihlenfeld robotjába olyan algoritmust is építettek, amely más adatbázisokkal is kapcsolatba lép, hogy az aktuális vegyületrôl még több információt szerezzen.

Az MDL Information Systems Chemscape Chime néven a Netscape Navigatorhoz olyan ingyenes program-modult hozott forgalomba, mellyel a felhasználó a HTML oldalakon megjelenített molekulákat képes elforgatni és mozgatni. Az MDL hamarosan piacra dobja a Chemscape Chime Prót, amely az ingyenes változat szolgáltatásain túl képes lesz a Hálóról letöltött szerkezetettel lekérdezéseket indítani a nagy molekula- és reakció-adatbázisokban.

A CLIC konzorcium (Cambridge, Leeds, Imperial College) a Chemical Communications elektronikus változatát a fentihez hasonló program felhasználásával mûködteti. A Molecular Simulations WebLab Viewere olyan, szintén ingyenes program, mely lehetôvé teszi molekulaszerkezetek interaktív megjelenítését és megváltoztatását.

A CambridgeSoft ChemFinder Web Server-e szintén ingyenes Háló-program, mely lehetôvé teszi, hogy egy teszôleges molekula lelôhelyeit megtaláljuk a Világhálón. A ChemFinder adatbázisa ráadásul megadja a keresett molekula fizikai tulajdonságait is.

A kémiai jellegû JAVA alkalmazások ugyancsak terjednek. Például a Tripos WebSketche (korábban Sketch & Fetch) molekularajzoló alkalmazás, melynek használatával a WebSketch böngészôjébôl közvetlenül indíthatunk lekérdezéseket más háromdimenziós adatbázisokban, és a keresés eredményeit meg is jeleníthetjük képernyônkön. Dean Godette, a Tripos vezetô termékfelelôse szerint az ilyen alkalmazások fô elônye a hagyományos programokkal szemben az, hogy platformfüggetlenek, és lehetôvé teszik, hogy a vegyész drága és nagy teljesítményû gépek helyett saját személyi számítógépén dolgozzék.

A kémikusok számára érdekes JAVA alkalmazás a molekularajzoló Molecule Editor. A ChemSymphony lehetôvé teszi, hogy molekulákat helyezzünk el a Háló oldalain, a HyperSpec pedig egy JAVA alapú magmágneses rezonancia spektrum megjelenítô.

Rzepa, Murray-Rust és mások nemrég - a kémiai és biológiai JAVA alkalmazások fejlesztését elôsegítendô - létrehozták a Nyílt Molekula Alapítványt. Rzepa reméli, hogy "ez a non-profit, független szervezet, a Kvantumkémiai Programcseréhez (Quantum Chemical Program Exchange) hasonlóan, elôsegíti majd a bio- és vegyi informatikai alkalmazások csere-beréjét". A Nyílt Molekula Alapítvány a kémiai lapleíró nyelv elsôdleges szponzora.

Néhány informatikus viszont éppen a JAVA veszélyeire figyelmeztet. Manton R. Frierson, a Lockheed-Martin kutatója az Országos Környezettudományi Szuperszámítógép Központból (Bay City, Michigan) elmondta, hogy náluk biztonsági okokból ellenjavallt az idegen eredetû JAVA alkalmazások használata. Hiszen ezek "a víruskészítôk álmai", trójai falovak lehetnek, mert lehetôvé teszik, hogy az esetleg letöltött vírusok csak késôbb lépjenek mûködésbe. A JAVA alkalmazások másik hátránya, hogy lelassíthatják a böngészô program mûködését.

Rzepa ugyanakkor úgy véli, hogy egy JAVA alkalmazás futtatása semmivel sem veszélyesebb, mint bármely más programé. Ráadásul a Netscape Navigator következô változata már tartalmaz egy JAVA-ellenôrzô programot. Murray-Rust ehhez még hozzáteszi, hogy "a JAVA alkalmazások jelentik a Világhálóról letölthetô és saját gépen futtatható programok legbiztonságosabb változatát".

A kémiai Web-alkalmazások jövôje a JAVA alkalmazásokkal kapcsolatos fenntartásokat leszámítva is bizonytalan. Kétségtelen, hogy az eddig megjelent alkalmazások túlnyomó része bizakodásra adhat okot. Az elmúlt három nagyszerû év alapján a kémiai jellegû Háló-alkalmazások terjedése megállíthatatlannak tûnik.