Haberlandt első botanikai cikke 1874-ben jelent meg, egy évvel azután, hogy felvették a Bécsi Egyetemre, ahol aztán 1876-ban doktori fokozatot szerzett. Ezután a Tübingeni Egyetemre ment, ahol Simon Schwendener irányítása alatt tanult. Schwendener ültette el benne azt a gondolatot, hogy a szerkezetet és a működést egyidejűleg, összefüggésében kell tanulmányozni. 1880-ban visszatért Ausztriába, és a grazi Műegyetemen botanikát kezdett tanítani. 1910-ben Haberlandt követte Schwendenert a Berlini Egyetem növényélettani tanszékének élén, s megalapította a Növénytani Kutatóintézetet.
Haberlandt úgy vélte, hogy diákjai nagy hasznát
vennék egy olyan osztályozási rendszernek, amely a
növényeket funkció alapján rendszerezné.
Physiologische Pflanzenanatomie (Élettani növényanatómia;
1884) c. könyvében tizenkét szövetrendszert különböztetett
meg funkcionális alapon (mechanikai, felszívásra szolgáló,
fotoszintetikus stb. szövetek). Noha rendszerét más
botanikusok nem fogadták el, a szerkezet és a környezet
összefüggéseinek elemzése hasznosnak bizonyult
a növények különféle élőhelyekhez
való alkalmazkodásának kutatásában.